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http://repositoriodigital.ipn.mx/handle/123456789/8623| Título : | Detección genética de agentes etiológicos bacterianos de infección intrahospitalaria en muestras clínicas con cultivo negativo |
| Autor : | Aguilera Arreola, Ma. Guadalupe Castro Escarpulli, Graciela Q.B.P. Hernández Martínez, Fabiola |
| Palabras clave : | agentes etiológicos bacterianos infección intrahospitalaria |
| Fecha de publicación : | 1-dic-2011 |
| Resumen : | Hospital-acquired infections are defined as infections not present and without evidence of incubation at the time of admission to a healthcare setting. Detection and identification of pathogen bacteria from clinical samples is commonly performed employing traditional phenotypic techniques that depend on culture, which has several disadvantages. Nowadays, molecular techniques are being implemented as alternative diagnostic tools for troubleshooting samples; one of them, the direct sequencing of 16S rRNA gene offers a faster diagnosis avoiding the culture’s disadvantages. The aim of the present work was to detect bacterial pathogens from samples with negative cultures by means of the direct amplification and sequencing of 16S rRNA gene. 300 samples were gathered in Centro Médico Nacional “20 de Noviembre” from ISSSTE. The amplification of 16S rRNA was performed and those samples with a positive amplification were purified and sequenced. The electropherograms were analized with BLAST (for monocrobial infections) and with RipSeq Web Tool (ISENTIO®) for polybacterial infections. 23 positive samples were detected; all of them were monomicrobial infections and previously described pathogens as E. coli, P. aeruginosa, Enterococcus sp. and coagulase-negative staphylococci were detected. Uncommon pathogens were also detected, Corynebacterium sp., Kokuria sp., Leuconostoc sp. and Achromobacter xylosoxidans. These findings show the importance of the use of molecular methods for identification of such bacteria, that are not generally studied and that cause infections in inmunocomrpomised patients. |
| Descripción : | Las infecciones nosocomiales se definen como la afección resultante de la presencia de un agente infeccioso en un paciente hospitalizado sin evidencia de que éste estuviera presente o en incubación al momento de la admisión del paciente al hospital y que puede manifestarse incluso después de su egreso. La detección e identificación de bacterias patógenas en muestras clínicas se realiza mediante métodos fenotípicos tradicionales que dependen del cultivo bacteriano. La sustentabilidad de estos métodos se ve mermada en los casos de las bacterias de lento crecimiento, las bacterias con requerimientos nutricionales específicos, por la muerte bacteriana como consecuencia del mal transporte de la muestra, el tratamiento previo al que se somete al paciente o el efecto bacteriostático de los antibióticos. Por estas razones, las técnicas de biología molecular están implementándose cada vez más como una alternativa al diagnóstico tradicional sobretodo en aquellas muestras que presentan los inconvenientes antes mencionados. La secuenciación directa del gen 16S rRNA es un método que ofrece un diagnóstico más rápido y evita las desventajas propias de los métodos fenotípicos. Debido a esto, el objetivo del presente trabajo fue detectar agentes patógenos bacterianos en muestras de diversos sitios anatómicos cuyo cultivo había sido negativo, mediante el uso de la amplificación directa del gen 16S rRNA. Se recolectaron 300 muestras provenientes de diversos sitios anatómicos con cultivo negativo en el Centro Médico Nacional “20 de Noviembre” del ISSSTE. Se realizó la amplificación del gen 16S rRNA se hizo en las 300 muestras, en todas aquéllas en donde se observó un amplicón de 510 pb se procedió a la purificación y posterior secuenciación. Los electroferogramas obtenidos se analizaron por dos metodologías. En el caso en que el electroferograma mostrara una única secuencia, la identificación del agente etiológico se hizo mediante un BLAST. Si el electroferograma era mixto, entonces el análisis se efectuó empleando el programa RipSeq Web Tool (ISENTIO®). La metodología permitió detectar 23 muestras positivas a la presencia de DNA de origen bacteriano (23/300; 7.66%). Las muestras positivas fueron identificadas como infecciones monomicrobianas. El análisis bioinformático identificó a diferentes bacterias reconocidas como agentes etiológicos de infección nosocomial, por ejemplo E. coli, P. aeruginosa, Enterococcus sp. y Staphylococcus coagulasa negativos. Además se encontraron agentes poco comunes que causan infecciones nosocomiales, los cuales son Corynebacterium sp., Kokuria sp., Leuconostoc sp. y Achromobacter xylosoxidans. Lo que demuestra la importancia del uso de métodos de identificación molecular que permitan la detección de bacterias como éstas, que no son buscadas comúnmente pero que sí son causantes de infección en pacientes inmunocomprometidos. |
| URI : | http://www.repositoriodigital.ipn.mx/handle/123456789/8623 |
| Aparece en las colecciones: | Mediateca |
Ficheros en este ítem:
| Fichero | Descripción | Tamaño | Formato | |
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| Tesis de maestría Fabiola Hernández Martínez.pdf | Detección genética de agentes etiológicos bacterianos de infección intrahospitalaria en muestras clínicas con cultivo negativo | 5.96 MB | Adobe PDF | Visualizar/Abrir |
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