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Título : Detección de los polimorfismos SNP-43, SNP-19 y SNP-63 del gen de la Calpaina 10 en población sinaloense con Diabetes Mellitus Tipo 2
Autor : DRA. PICOS CÁRDENAS, VERÓNICA JUDITH
DR. MILIAR GARCÍA, ÁNGEL
SÁINZ GONZÁLEZ, ENRIQUE
Palabras clave : polimorfismos
SNP-43
SNP-19
SNP-63
gen de la Calpaina 10
población sinaloense
Diabetes Mellitus Tipo 2
Fecha de publicación : 28-nov-2011
Resumen : Background: Calpain 10 (CAPN10) gene is involved in a wide variety of cellular processes, among them the exocytosis of insulin. CAPN10 presents polymorphic variants that have been associated with diabetes mellitus type 2 (DM2), particularly the SNP-43, SNP-19, and SNP-63, as well as haplotypes formed by these polymorphisms. Objective: To determine whether there is association between the polymorphisms SNP-43, SNP-19, and SNP-63 of theCAPN10 gene and DM2 patients in Sinaloa. Material and methods: We analyzed 200 patients with DM2 and 140 controls, both residents of Sinaloa. Simple PCR was applied for the identification of alleles of SNP-19, and for the SNP-43 and SNP-63 real timePCR was used. Several tests and software according to the data being compared were used for statistical analysis (t of student, Chi-square, Fisher Exact,Odds ratio, and the software Hapstat 3.0). Results. In general, analyzed polymorphisms do not show significant differences between cases and controls, and all themare in the Hardy- Weinberg equilibrium. For SNP-43 controls allele frequencies were G=70% and A=30%, for cases G=72% and A=28%. The genotype frequencies in controls were 49%, 43% and 9% for GG, GA and AA, respectively; while in the cases they were observed in 51%, 42%, and 7%, respectively. Regarding to the SNP-19, the frequency of the allele 1 (del) was 32%, and the allele 2 (ins) 68% in controls; while in patients they were 39% and 61%, respectively. The ins/ins genotype has a frequency of 36%in controls and 46% in cases; the heterozygote ins/del a frequency of 51% in controls and 43% in cases and the homozygous del/del controls 13% and 11% in cases. SNP-63, the allele frequencies were C=87% and T=13% for controls, and C=83% and T=77% for the cases. The genotype frequencies were 76% (CC), 23% (CT), and 1% (TT), and 70%, 27%, and 3% for controls and patients, respectively. Moreover, to comparing control women versus case women we found an association of the allele 1 of theSNP-19to DM2 (OR=1.52, p=0.04). Haplotype analysis showed a protective effect for combination 122 (OR=0.044; p=0.001). Discussion: We found no significant differences to compare allele frequency and genotype in our population for the polymorphism SNP-43, SNP-19, and SNP-63, which is similar to that found in other populations. However, there are also differences with other studies. For example, for the SNP-43, the G allele and the GG genotype have been associated with increased risk for DM2, low concentrations of glucose in plasma, reduction of mRNA expression in skeletal muscle, high concentrations of insulin and fatty acid. The SNP-19 1/1 genotype has been related with a decrease in lipolytic activity, and genotype 2/2 to a high body mass index. In our study the allele 1 (del) was associated with DM2 only in women (OR=1.52, p=0.04). Regard to SNP-63, association of the allele T and DM2 has been reported. The haplotype 122 was only present in the group control (p=0.001), which may suggest a protect effectversusDM2. This could be a fortuitous finding, because it has not been reported as a haplotype of protection in other studies. The haplotype 222 was associated with DM2, but there were no significant differences (p=0.14). In this sense the haplotype 111 has been associated with risk for DM2 in Arabs (p=0.034). Conclusion: Even if a bias could be in the interpretation of our observations because of the size analyzed sample, we must not discard alleles or haplotypes of DM2 risk in our population.
Descripción : Antecedentes: El gen de la calpaína 10 (CAPN10) está implicado en una gran variedad de procesos celulares, entre los que se encuentra la exocitosis de insulina. CAPN10 presenta variantes polimórficas que han asociadas con diabetes mellitus tipo 2 (DM2), particularmente los SNP-43, SNP-19 y SNP- 63, así como haplotipos formados por estos polimorfismos. Objetivo:Determinar si existe asociación entre los polimorfismos SNP-43, SNP-19 y SNP-63 del gen CAPN10 y la DM2 en pacientes de Sinaloa. Material y Métodos: Se analizaron 200 pacientes con DM2 y 140 controles, ambos residentes de Sinaloa. Para la identificación de los alelos del SNP-19 se aplicó la técnica de PCR clásica, y para los SNP-43 y SNP-63 la PCR en tiempo real. Para el análisis estadístico se utilizaron diversas pruebas y programas según los datos que se compararon (t de student, χ², razón de momios, Exacta de Fisher y el Hapstat 3.0). Resultados.En general, los polimorfismos analizados no muestran diferencias significativas entre casos y controles, y todos están en Equilibrio de Hardy-Weinberg. Para el SNP-43 las frecuencias alélicas en controles resultaron G=70% y A=30%, para casos G=72% y A=28%. Las frecuencias genotípicas en controles fueron 49%, 43% y 9% para GG, GA y AA, respectivamente; mientras que en los casos éstas se observaron en 51%, 42% y 7%, respectivamente.Respecto al SNP-19, la frecuencia del alelo 1 (del)fue de 32%, y la del alelo 2 (ins) de 68% en controles; mientras que en pacientes éstas fueron de 39% y 61%, respectivamente.El genotipo ins/ins tiene una frecuencia de 36%en controles y 46% encasos; el heterocigoto ins/del una frecuencia de 51% en controlesy 43% en casos y el homocigoto del/del 13% en controlesy 11% en casos. En cuanto al SNP-63, las frecuencias alélicas fueron C=87% y T=13% para controles, y C=83% y T=17%, para los casos. Las frecuencias genotípicas fueron 76% (CC), 23% (CT) y 1% (TT), y 70%, 27% y 3%, para controles y pacientes, respectivamente. Un hallazgo que llamó la atención fue que al comparar mujeres sanas contra mujeres enfermas se encontró una asociación del alelo 1 del SNP-19 para DM2(OR=1.52, p=0.04). El análisis de haplotipos mostró un efecto protector para la combinación 122 (OR=0.044; p0.001). Discusión:No se encontraron diferencias significativas al comparar las frecuencias alélicas y genotípicas en nuestra población para los polimorfismos SNP-43, SNP-19 y SNP-63, lo que es similar a lo encontrado en otras poblaciones. Sin embargo, también hay diferencias con otros estudios.Por ejemplo,para el SNP-43, el alelo G y el genotipo GG se han asociado con riesgo incrementado para DM2, concentraciones bajas de glucosa plasmática, reducción en la expresión de mRNA en músculo esquelético,concentraciones elevadas de insulina y de ácido grasos. En cuanto al SNP-19, el genotipo 1/1 se ha asociado a una disminución de la actividad lipolítica, y el genotipo 2/2 a un IMC elevado.En nuestro estudio el alelo 1 (del) lo encontramos asociado con DM2 sólo en mujeres (OR=1.52, p=0.04). En lo que respecta al SNP-63, se ha reportado asociación del alelo T con riesgo para DM2. En nuestro estudio,el haplotipo 122 sólo estuvo presente en el grupo control (p=0.001) lo que nos puede sugerir protección de éste contra DM2. Este podría ser un hallazgo fortuito, ya que no se ha reportado como haplotipo de protección en otros estudios. El haplotipo 222 lo encontramos asociado con DM2,pero no hubo diferencias significativas (p=0.14). En este sentido el haplotipo 111 ha sido asociado con riesgo para DM2 en árabes (p=0.034). Conclusión: Si bien, el tamaño de la muestra analizada pudiera sesgar la interpretación de nuestras observaciones, no debemos descartaralelos o haplotipos de riesgo para DM2 en nuestra población.
URI : http://www.repositoriodigital.ipn.mx/handle/123456789/8433
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